施工过程中，监理单位下发针对专业分包工程范围内墙面装饰装修做法的设计变更指令。在变更指令下发后的第10天，专业分包单位向监理工程师提出该项变更的估价申请。监理工程师审核时发现计算有误，要求施工单位修改。于变更指令下发后的第17天，监理工程师再次收到变更估价申请，经审核无误后提交建设单位，但一直未收到建设单位的审批意见。
次月底，施工单位再上报已完工程进度款支付时，包含了经监理工程师审核、已完成的该项变更所对应的费用，建设单位以未审批同意为由予以扣除，并提出变更设计增加款项只能在竣工结算前最后一期的进度款中支付。
【问题】上述做法的设计变更估价申请报送及进度款支付过程中都存在哪些不妥之处？分别写出正确做法。
